Kagyü-linja on yksi Tiibetin buddhalaisuuden neljästä pääkoulukunnasta. Juurensa se juontaa historialliseen Buddhaan.
Muinaisessa Intiassa vajrayanaopetuksia välitettiin eteenpäin opettajalta ja oppilaalle noin 1 500 vuoden ajan. Sitten perimätiedon mukaan 900-luvulla vaeltava askeetti nimeltään Tilopa (988–1069) saavutti täyden toteutumisen saatuaan meditaatiossa mahamudravälityksen suoraan Buddha Vajradharalta (tiib. Dorje Chang), mielen luontaisen totuustilan ilmentymältä. Tilopa antoi monia opetuksia, mukaan lukien kuuluisan ”Ganges-mahamudran”, jota lama Ole Nydahl usein opettaa Timanttipolku-buddhalaisilla kursseilla. Pääoppilaakseen Tilopa valitsi Naropan.
Naropa (1016–1100) oli entinen buddhalaisen filosofian professori. Tilopa käytti Naropaan hyvin voimakkaita menetelmiä katkaistakseen tämän riippuvuuden käsitteistä (Naropan 12 suurta koettelemusta), ja lopulta Naropa oivalsi opetusten sisäisen merkityksen. Naropa systemoi Tilopalta saamaansa meditaatiot kuuluisiksi ”Naropan kuudeksi joogaksi”, joihin lukeutuvat illuusiokeho, phowa, tietoinen unennäkeminen, kirkas valo, bardo ja sisäinen lämpö. Kaikkia näitä meditaatioita harjoitetaan nykyäänkin karma-kagyü-linjassa. Timanttipolku-oppilaat harjoittavat niistä phowaa ja kirkkaan valon meditaatiota.
Marpa-kääntäjä (1012–1097) oli perheellinen, liiketoimintaa maatilallaan pyörittänyt maallikkoharjoittaja. Marpa teki jalan vaivalloisen ja vaarallisen matkan Tiibetistä Himalajan yli Intiaan, eikä vain kerran vaan peräti kolmesti. Hän yhdisti Maitripalta saamansa mahamudra-opetukset ja Naropalta saamansa sisäisten energioiden meditaatiot (kuusi joogaa). Marpa toi mukanaan Tiibetiin monia tärkeitä opetuksia ja käänsi ne tiibetiksi. Hän oli kagyü-linjan esi-isä ja ensimmäinen opettaja Tiibetissä.
Milarepalla (1052–1135) oli ollut synkkä lapsuus, ja hän käytti mustaa magiaa kostaakseen niille monille, jotka olivat sortaneet hänen perhettään. Kaduttuaan tekojaan hän kääntyi buddhalaisuuteen puhdistuakseen kartuttamastaan negatiivisesta karmasta. Milarepa rakensi paljain käsin opettajalleen Marpalle tämän pyynnöstä useita torneja, jotka tämä kuitenkin säälimättömästi kerta toisensa jälkeen vaati purkamaan. Tällä tavoin Marpa sai taitavasti poistettua monia karmisia esteitä oppilaaltaan. Milarepa vietti vuosia retriitissä ja saavutti valaistumisen. Hänet tunnetaan parhaiten spontaaneista, toteutumista ilmaisevista lauluistaan.
Gampopa (1079–1135) oli Milarepan maineikkain oppilas. Tämä ”tohtori Dhagposta” menetti sairaudelle vaimonsa, joka kuolinvuoteellaan sai hänet lupaamaan olemaan ottamatta uutta vaimoa, ja niin Gampopa ryhtyi munkiksi. Gampopa harjoitti Milarepan johdolla, saavutti toteutumisen ja keräsi suunnilleen 50 000 oppilasta. Neljä Gampopan oppilaasta perusti kagyü-linjan neljä niin kutsuttua suurta haaraa: barom-kagyün, karma-kagyün, phagdru-kagyün ja tshalpa-kagyün.
Joogi Rechungpa, toinen Milarepan oppilas, haki Intiasta useita tärkeitä välityksiä karma-kagyü-linjaan ja toimi yhdessä Gampopan kanssa Düsum Khyenpan (1110–1193), 1. Karmapan, opettajana. Tavattuaan Düsum Khyenpan Gampopa kertoi oppilailleen: ”Hän teeskentelee olevansa oppilaani toimiakseen vastaisuudessa linjani haltijana tuntevia olentoja varten, mutta todellisuudessa hän jo saavuttanut polun päämäärään.”
Düsum Khyenpasta (1110–1193) tuli kagyü-linjan seuraava haltija. Ennen kuolemaansa hän kertoi oppilailleen: ”Näiden opetusten säilyttämiseksi ja levittämiseksi synnyn uudelleen.” Ja aivan kuten hän oli ennustanut, pian ilmaantui 2. Karmapa, joka kertoi jo hyvin varhaisessa iässä kaikille olevansa Karmapa. Näin sai alkunsa Tiibetin buddhalaisuuden vanhin jälleensyntymälinja, joka tunnetaan karma-kagyü-linjana. Sana ”karma” linjan nimessä viittaa nimenoman Karmapaan. Karmapan perättäiset jälleensyntymät sijaislinjanhaltijoineen ovat säilyttäneet linjan elävänä 1. Karmapasta Düsum Khyenpasta aina nykyiseen, 17. Karmapaan asti.